Navnet Steinkjer kommer av norrønt «steinker», som betyr demning eller brokar av stein, men som også var brukt om oppdemming for fangst av fisk. Elvene i Steinkjer har alltid vært gode lakseelver. 

Småplassene Mære og Egge har vært et historisk maktsentrum i norrøn tid og tidlig middelalder. Flere betydningsfulle arkeologiske funn er gjort i området. 

Ladejarlene Svein Håkonsson og Eirik Håkonsson hadde hovedsetet sitt i Steinkjer og feiret jul der før de rømte landet i 1016.

Steinkjersannan var ekserserplass og militærleir i om lag 300 år fra 1600-tallet til 2002.
I 1857 ble stedet by. Det oppstod en betydelig handelsvirksomhet basert på trelast og jordbruksprodukter.

Store deler av bebyggelsen av tre forsvant under en brann i 1900. Byen ble i løpet av få år bygd opp på nytt som en vakker by i jugendstil.

21. og 22. april 1940 ble Steinkjer bombet og på nytt lagt i ruiner. Etter krigen ble byen gjenreist og fremstår i dag som en murby preget av funksjonalisme i etterkrigsstil.
Steinkjer kirke ble innviet i 1965 som avslutning på gjenreisningen av sentrum. Det er et særpreget kirkebygg tegnet av Olav Platou og utsmykket med bronsekrusifiks av Sivert Donali og glassmalerier og veggdekorasjoner av Jakob Weidemann.

Bygdene danner også i dag det økonomiske grunnlaget for byen og gjør at Steinkjer er en av landets største jord- og skogbrukskommuner med mange store bruk og særlig stor produksjon av korn og melk.

I oktober 1998 fikk Steinkjer formell omstillingsstatus av Kommunal- og regionaldepartementet på bakgrunn av en rapport som viste at kommunen ville miste over 600 arbeidsplasser innen 2010 uten spesielle tiltak. Det førte til at man i noen år satset på Steinkjer som «IT-byen».